Bio.codonalign.codonalignment 模块

处理密码子比对的代码。

CodonAlignment 类继承自 MultipleSeqAlignment 类。这是处理 Biopython 中密码子比对的核心类。

class Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment(records='', name=None)

基类：MultipleSeqAlignment

继承自 MultipleSeqAlignment 的密码子比对类。

>>> from Bio.SeqRecord import SeqRecord
>>> a = SeqRecord(CodonSeq("AAAACGTCG"), id="Alpha")
>>> b = SeqRecord(CodonSeq("AAA---TCG"), id="Beta")
>>> c = SeqRecord(CodonSeq("AAAAGGTGG"), id="Gamma")
>>> print(CodonAlignment([a, b, c]))
CodonAlignment with 3 rows and 9 columns (3 codons)
AAAACGTCG Alpha
AAA---TCG Beta
AAAAGGTGG Gamma
__init__(records='', name=None)

初始化类。

__str__()

返回比对的多行字符串摘要。

此输出表示可读，但大型比对会显示为截断。最多显示 20 行（序列）和 60 列（20 个密码子），以及记录标识符。这应该可以很好地适应单个屏幕。例如：

__getitem__(index)

对于单一索引返回 CodonAlignment 对象。

__add__(other)

通过将具有相同行数的两个密码子比对相加来组合它们。

该方法还允许将 CodonAlignment 对象与 MultipleSeqAlignment 对象组合。以下规则适用

  • CodonAlignment + CodonAlignment -> CodonAlignment

  • CodonAlignment + MultipleSeqAlignment -> MultipleSeqAlignment

get_aln_length()

获取比对长度。

toMultipleSeqAlignment()

将 CodonAlignment 转换为 MultipleSeqAlignment。

使用 Seq 来存储序列，返回包含 CodonAlignment 中所有 SeqRecord 的 MultipleSeqAlignment。

get_dn_ds_matrix(method='NG86', codon_table=None)

可用方法包括 NG86、LWL85、YN00 和 ML。

参数

  • method - 可用方法包括 NG86、LWL85、YN00 和 ML。

  • codon_table - 用于正向翻译的密码子表。

get_dn_ds_tree(dn_ds_method='NG86', tree_method='UPGMA', codon_table=None)

构建 dn 树和 ds 树。

参数

  • dn_ds_method - 可用方法包括 NG86、LWL85、YN00 和 ML。

  • tree_method - 可用方法包括 UPGMA 和 NJ。

classmethod from_msa(align)

将 MultipleSeqAlignment 转换为 CodonAlignment。

用于将 MultipleSeqAlignment 转换为 CodonAlignment 的函数。确保满足 CodonAlignment 所需的所有要求是用户的责任。

Bio.codonalign.codonalignment.mktest(codon_alns, codon_table=None, alpha=0.05)

中性理论的 McDonald-Kreitman 检验。

实施中性理论的 McDonald-Kreitman 检验（PMID: 1904993） 此方法计算变化而不是位点 (http://mkt.uab.es/mkt/help_mkt.asp）。

参数

  • codon_alns - 要比较的 CodonAlignment 列表（每个 CodonAlignment 对象对应于从一个物种中采样的基因）

返回检验结果的 p 值。